วัดดนาคกลาง เป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดวรวิหาร มีเนื้อที่ทั้งสิ้น จำนวน 47 ไร่ 1 งาน 88 ตารางวา เป็นวัดโบราณ มีมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย ความเป็นมาตอนหนึ่งว่า เดิมมี 3 วัด คือ
วัดนาค ปัจจุบันคือวัดพระยาทำวรวิหาร ตั้งอยู่ทางฝั่งเหนือคลองมอญ
วัดกลาง ปัจจุบันคือวัดนาคกลางวรวิหาร ตั้งอยู่ทางฝั่งใต้คลองมอญ
วัดน้อย ปัจจุบันคือที่ตั้งโรงเรียนทวีธาภิเศก และเคหสถานที่เช่าปลูกอาศัย
วัดทั้งสามนี้ มีข้อสันนิษฐานว่าน่าจะได้รับการสถาปนาขึ้นเป็นพระอารามหลวงตั้งแต่สมัยกรุงธนบุรี ดังข้อความที่ปรากฏว่าในหนังสือเรื่อง “ตำนานวัตถุสถานที่พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสถาปนา” ตอนหนึ่งว่า


“ในสมัยที่กรุงธนบุรีเป็นราชธานีอยู่ 15 ปี ต้องทำศึกสงครามอยู่ทุกปีมิได้ขาด การกู้บ้านเมืองจึงมีโอกาสแต่เพียงรวบรวมราชอาณาเขตซึ่งแตกเป็นหลายก๊กกลับเป็นประเทศเดียวกันได้ดังแต่ก่อน แต่การที่จะก่อสร้างทำนุบำรุงบ้านเมืองให้กลับคืนดีดังเก่า ไม่มีโอกาสและกำลังที่จะทำได้เท่าใดนัก ด้วยเหตุนี้จึงมิใคร่ปรากฏวัตถุสถานที่สร้างในสมัยกรุงธนบุรี แม้ที่มีอยู่บ้างก็พึงสังเกตได้ว่าฝีมือช่างอยู่ข้างเลว เพราะช่างครั้งกรุงศรีอยุธยาถูกพม่ากวาดเอาไปเสีย ช่างที่มีในกรุงธนบุรีก็พึ่งฝึกหัดขึ้นใหม่ ยังมิทันที่จะเชี่ยวชาญ ถึงในการอื่น ๆ เช่น แต่งหนังสือ เป็นต้น ก็เป็นทำนองเดียวกัน ตลอดจนในฝ่ายพุทธจักรก็ต้องเป็นแต่สมมติวัดราษฎร์เป็นพระอารามหลวง และเที่ยวหาพระสงฆ์ ซึ่งเหลืออยู่ตามหัวเมือง มาเลือกสรรตั้งเป็นพระราชาคณะปกครองสังฆมณฑล...”
ถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ จึงมีกรณีรวมชื่อวัด วัดนาค ให้ชื่อใหม่ว่า วัดพระยาทำ โดยเอาชื่อเดิมมารวมเข้ากับ วัดกลางและวัดน้อย ได้ชื่อใหม่ว่า “วัดนาคกลาง” เมื่อ พ.ศ. 2323 สมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ดังความในพระราชพงศาวดาร ฉบับพระราชหัตถเลขา ว่า
“ขณะนั้น พระพุฒาจารย์ ซึ่งเป็นศิษย์สมเด็จพระสังฆราชไปเข้าพวกพระธรรมธีรราชมหามุนี วัดหงส์ ปรึกษาเห็นด้วยกันว่า วัดนาค กับ วัดกลาง มีอุปจารใกล้กันนักจะมีพัทธสีมาต่างกันนั้นมิควรจะมีพัทธสีมาแห่งเดียว ร่วมกระทำ อุโบสถสังฆกรรมในพัทธสีมาอันเดียวกัน จึงให้พระพุฒาจารย์ เป็นผู้เข้าถวายพระพรสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช พระองค์จึงดำรัสให้ประชุมพระราชาคณะปรึกษาพร้อมกัน ณ วัดบางหว้าใหญ่ ในสำนักสมเด็จพระสังฆราชว่า จะควรมิควร ประการใด และพระราชาคณะทั้งปวงมีสมเด็จพระสังฆราชเป็นประธาน ปรึกษาเห็นพร้อมกันว่า พระอารามทั้งสองนั้นมีคลองคั่นเป็นเขต ควรจะมีพัทธสีมาต่างกันได้ ด้วยมีตัวอย่างมาแต่โบราณ ครั้งกรุงเก่านั้นพระอารามใกล้ ๆ กัน มีอุโบสถ ผูกพัทธสีมาต่าง ๆ กัน มีมาแต่ก่อนเป็นอันมาก...”